Para isso, escolhemos os machos que mais garantias nos dão de compensar os defeitos de cada fêmea e potenciar as suas qualidades. Essa selecção leva-nos a uma procura constante e a fazer muitos quilómetros para descobrir novos reprodutores e outros exemplares das mesmas famílias, de modo a obtermos o máximo de informação possível sobre a genética dessas linhas, que nos permitirá prever o resultado de cada ninhada.
Regra geral, optamos por cruzamentos de linhagens diferentes, recorrendo a padreadores de linhas pouco utilizadas no âmbito da canicultura. Procuramos com isso minimizar o risco de problemas hereditários e preservar, na nossa criação e na raça, a diversidade genética e certos genes responsáveis por características importantes no Serra da Estrela - nomeadamente as cores raras e traços de carácter fundamentais para o seu desempenho enquanto cão de trabalho. Ocasionalmente, no caso de animais de qualidades notáveis e não portadores de genes responsáveis por defeitos graves, poderemos recorrer a alguma consanguinidade, de modo a fixar essas qualidades.
O planeamento de cada acasalamento é feito com muita antecedência, de modo a que nada seja descurado. Tendo em conta as características de cada cadela reprodutora, as suas linhagens e a sua carga genética, traçamos para cada nova ninhada objectivos concretos, que visam superar os resultados de eventuais ninhadas anteriores e, a longo prazo, contribuir para o desenvolvimento do nosso programa de criação no seu todo.
Todos os nossos reprodutores são submetidos a rastreios de displasias da anca e cotovelo e de cardiomiopatia dilatada.